アメリカ中西部の街ラクーンシティから脱出して3ヶ月後、クレア・レッドフィールドは行方不明の兄の僅かな手がかりを頼りにヨーロッパへ向かうが、アンブレラのビルに忍び込んだところで捕まってしまい、絶海の孤島「ロック・フォート島」に閉じ込められる。果たしてクレアは兄と再会できるのだろうか。
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第2作『バイオハザード2』の3ヶ月後を描いた出来事。プレイヤーはゲーム前半はクレアを、後半はクリスを操作してバイオハザードが発生した施設からの脱出を目的とする。タイトルナンバーは付いていないが、時系列的に捉えれば、『2』と同時進行する別の事件を描いていた『バイオハザード3』よりも続編らしいといえる。
当初は「ドリームキャストのみで発売されるバイオ」という触れ込みであったが、のちにアルバート・ウェスカーが活躍するムービーの追加など様々な改修が行われた完全版が他機種に展開された。完全版ではシステムの変更は無い。
シリーズ作品の中でもストーリーが長い部類に入る。
システムの特徴・概要など
2丁拳銃の登場、プラットフォームをドリームキャスト、プレイステーション2、ゲームキューブに移したことによるグラフィックの向上、「固定カメラ」視点から「移動カメラ」視点への変更などが主な特徴である。
従来の作品でも一時的に操作するキャラクターが変わったり、同時に行動していた別のキャラクターを操作するという事はあったが、本作では前半のクレアと後半のクリスに完全に2分されており、アイテムもアイテムBOX（アイテムを保管する場所）を通して共有している。クレアとクリスの操作のキャラ交代のとき、クレアにアイテムを持たせたままにすると持ち逃げ状態となり、クリスの手元（アイテムBOX）には戻ってこない。よって、強力な武器がなくなることもありうる。逆に強力な武器をアイテムボックスに残しておけば、クリス編は有利となるが、クレア編の最後にはボス戦があるので注意が必要である。また、ストーリーの長さの割にハーブや弾薬の入手機会が少なめで難易度はシリーズの中では高い部類に位置する。
ナイフの攻撃力や部位破壊などの武器に関しての仕様や演出が一部従来のシリーズ作品と異なっている（詳しくは後述）。
おまけゲームとして「BATTLE GAME」という物があり、本編クリア後にプレイができる。クレア（2種類）、クリス、スティーブ、ウェスカー各キャラクターを操作して道中に現れるクリーチャーを全て排除し、最後にボスと対決。クリア時のタイムによってランクが決定。それぞれ決められた武器を所持しており、装弾数は無限。全てのキャラクターでSランクを獲得するとリニアランチャーがバトルゲーム中で使用できるようになる。
クレア・レッドフィールド ( Claire Redfield )
前々作『バイオハザード2』の主人公の1人。兄であるクリスの捜索の為にアンブレラのパリ研究所ビルへ潜入し、激しい銃撃戦を繰り広げるが逮捕され、ロックフォート島に収監される。島が襲撃された際にロドリゴにより開放され、スティーブとともに脱出を目指す。兄クリスを非常に慕っているが、一方ではスティーブに対しお姉さんぶる一面も。バイオハザード2とは顔つき、服装が異なっている。また、バトルゲームでは本編の服装とは別にレースクイーン姿で登場する。
クリス・レッドフィールド ( Chris Redfield )
『バイオハザード1』の主人公であり、クレアの兄。元はラクーン市警察の特殊部隊S.T.A.R.S.の隊員であったが、洋館事件（『1』の舞台）によって隊は壊滅。生き残ったメンバーとしてアンブレラの実態を暴くためヨーロッパに渡り調査を行っていた。レオンからの連絡を受け、クレアを救出するためにロックフォート島へ赴くが、すでにクレアは脱出した後であった。代わりに彼は思わぬ“旧友”と再会することになる。崖下からロックフォート島にロッククライミングで侵入するなどその強靭な肉体は健在。そしてロッククライミング中に持ってきた装備を殆ど失ってしまう少々抜けたところも健在。
スティーブ・バーンサイド ( Steve Burnside )
ロックフォート島の監獄に父親と共に囚われていた17歳の少年。島内の混乱に乗じて脱走し、同じく収監されていたクレア・レッドフィールドと出会い、島からの脱出の為に協力しあう事になる。父親が原因で母親を殺され、自分は投獄されてしまったためやや人間不信に陥っており、家族の絆という物に嫌悪感を示す。その為か、力の象徴である銃に対し並々ならぬこだわりを持つ。クレアと行動する内段々と心を開き、信頼を寄せるようになる。オリジナル版と完全版では髪型が異なる。
南極のアンブレラの施設内で捕らえられ、T-Veronicaを投与されてモンスター化させられクレアに襲い掛かる。最後には理性を取り戻しクレアを助けるが、触手により致命傷を受け、最期はクレアに愛を告げ逝った。肉体はアンブレラを裏切り対抗組織に身を置くアルバート・ウェスカーに持ち去られる。ウェスカーの台詞から、今後何らかの形で再登場する可能性もある。
アルフレッド・アシュフォード ( Alfred Ashford )
アンブレラ社所有のロックフォート島の責任者。アンブレラの創設メンバーの一人、エドワード・アシュフォードの孫にあたり、アレクシアの双子の兄。無能な父を軽蔑し、かつてあったアシュフォード家の貴族としての栄光を取り戻そうと躍起になっているが、司令官として優秀とはいえず様々な問題を抱えており、また妹アレクシアへのコンプレックスもあって倒錯した人格を形成している。兵器マニアであり、娯楽で囚人を惨殺して楽しみ、アレクシアがいない寂しさに耐え切れず妹の人格を生み出してしまうなどかなりの変人である。アレクシア曰く「忠実だが無能な兵隊蟻」。
アレクサンダー・アシュフォード ( Alexander Ashford )
アシュフォード家の6代目当主で、アルフレッドとアレクシアの父親。当主として優秀な人物とは言えなかったらしく、アシュフォード家の栄光は彼の代で地に落ちることとなる。かつての栄光を取り戻すべく、専攻していた遺伝子工学から初代当主ベロニカの再臨を考え始める。そしてそれは成功し、ベロニカの再来であるアレクシアが誕生することになる。しかし彼にとって予定外だったのは生まれたのが双子だったことである。彼曰くアルフレッドは「普通より知能は高いが天才ではない」子供で、必要とされていなかった。後にアレクシアが生み出したT-veronicaの実験体とされ、ウィルスとの共存に失敗して凶暴な怪物「ノスフェラトゥ」となる。
アレクシア・アシュフォード ( Alexia Ashford )
ロックフォート島の責任者・アルフレッド・アシュフォードの双子の妹。家系的には先代当主アレクサンダーの娘であるが、実際にはアルフレッドと共にアシュフォード家初代当主ベロニカをクローン技術で蘇らせたクローン人間であり、アレクサンダーの血は受け継いでいない。稀に見る高い知能を有した天才科学者であり、ウイルス、バイオテクノロジーの研究で才能を発揮していたが、1983年、弱冠12歳にして南極アンブレラ基地の研究施設でウイルス研究から生み出したT-Veronicaウイルスを自身に投与、実験中の事故で死亡したと偽り以後15年間ものコールドスリープに入っていた。自分以外の人間を愚民として見下すなど自尊心が強い。
アルバート・ウェスカー ( Albert Wesker )
『バイオハザード1』の登場人物であり、元S.T.A.R.S.アルファチームの隊長。しかしその実体はアンブレラの研究員であり、組織の鞍替えを目論み「洋館事件」の裏で暗躍していた人物であった。洋館事件で死亡したと思われていたが、同僚であったウィリアム・バーキンから貰った「使用すれば一度仮死状態になり、超人的な能力を持って復活する薬」（G-ウイルスか、もしくはその改良品と考えられる）を摂取していた為、復活。その副作用か瞳孔が変化し、爬虫類を思わせる細い赤く光る目になった。アンブレラと敵対する製薬会社「H.C.F.」の部隊に参入し本作に登場。部隊を率いてロックフォード島を襲撃、T-Veronicaの確保に成功する。同時に、再びクリスと相対することになり、その憎しみをぶつけている。復活とその後の詳しい経緯は完全版の限定版に付いていた「ウェスカーズリポート」に記されている。ちなみにアレクシアと対峙する際、オリジナル版では手も足も出なかった事に対し、完全版では残像を残して壁を走ったり、素手で殴ったりと互角の戦いを演ずる等その超人ぶりが目立っている。
余談だが、「俺はクリスに殺された、クリスが憎い」と発言するシーンがあるが『バイオハザード1』ではリメイク版も含め、いかなるルートでクリアしたとしてもクリスがウェスカーを殺害するシーンはない。
クリア後のバトルゲームで使用することが出来るが、武器がナイフしかないため難易度は非常に高い。但しその分ランクの決めが非常に甘く、一時間以内にクリアすれば確実に最高のランクが手に入る。
ロドリゴ・ファン・ラバル ( Rodrigo Juan Raval )
アンブレラのヨーロッパ支部・パリ研究所の第3警備部隊長であり島の刑務官。クレアをとらえた張本人。元はロックフォート島の住人であった一族の1人であり、アシュフォード家が施設を作るため島民のほとんどを強制退去させた後も先祖の墓を守るため、刑務官として就任していた。家族に先立たれている。アンブレラの非人道性に嫌気がさしており、島の崩壊に際しクレアを牢から解放した。負傷しながらも島の爆発後には家族の墓前に向かい、島に到着したクリスの前で逝く（クレアが事前に止血剤とライターを渡すか否かで迎える最期が異なる）。
D.I.J.
何らかの実験により人並みの知性を獲得、言語を解せるようになった（しかし喋れない）ネズミ。こちらもバイオハザードの起きた島から脱出しようと試みておりムービーを注意深く見るとちらっとその姿を見せていることがある。「チキンではない」らしい。彼の行動を記した日記をBATTLE GAMEで手に入れる事ができ、その日記にはタイラント戦でクレアを手伝ったと書かれているが、何をしたのか、また役に立ったのかは不明。最後はウェスカー達の潜水艦に乗り込み脱出した模様。
登場クリーチャー
ゾンビ ( Zombie )
島の作業員や囚人、特殊部隊の人間などがT-ウイルスに感染し、歩く屍と化している。本作では生前の職業（服装）によって能力が変動するようになっており、例えば墓場に埋められていたゾンビは腐敗がひどいので能力が低く、逆にウェスカーの部下である特殊部隊員のゾンビは能力が高い。他にも顔つきや装飾品などの細かなバリエーションが特色である。爆弾を背負っているゾンビも登場、爆破オブジェクトと同じ扱いになり火器で攻撃すると爆発して周囲を巻き込む。また、寄生虫を腹に宿しているゾンビも存在し、ランダムで寄生虫が外に飛び出して操作キャラクターを攻撃する。本作のゾンビは、部位破壊は存在するものの“頭部を失う”などの部位欠損描写が無く、例え頭部を破壊しても（肉片が飛び散るような演出こそあるが）見かけ上は何も変わらない。ロケットランチャーを撃ち込んだとしても五体満足のまま黒コゲになるだけである。他作品よりも全体的に移動スピードが速く、不意に加速したりもするのでハンドガンでは止めきれないケースも多々ある。ナイフで一定距離から攻撃するとダウンさせることができる。
ゾンビ犬 ( Zombie dog )
軍用犬として飼育されていたドーベルマンが二次感染を起こした物。
コウモリ ( Bat )
島に生息していた野生のコウモリが、T-ウイルスに感染した物。サイズはあまり変わらないが、凶暴さが増しており、人間に積極的に襲い掛かってくる。暗く湿った場所に群れで生息している。走ったり銃を撃ったりして物音を立てなければ襲い掛かってこず、またライターを装備していれば近寄られることはない。
砂虫 ( Gulp worm )
ミミズをベースにT-ウイルスの投与、遺伝子操作によって生み出されたB.O.W.で、人間を丸呑みできる程の巨体を持つ。試作段階の物を、ロックフォート島の訓練施設にて行われていた対B.O.W.対策部隊による模擬戦闘の相手として用い、データ収集していた模様。ラクーンシティに出現した「グレイブディガー」に酷似しているが、「グレイブディガー」がウイルスの二次感染により偶発的に生まれたのに対し、砂虫はこれを元にB.O.W.として研究開発された物。地中を掘り進んで移動し、獲物の臭いを感知して襲い掛かってくる。
バンダースナッチ ( Bandersnatch )
タイラントをベースにした量産型B.O.W.の試作品。1つの兵器としての完成度よりも量産性を重視されて生み出された。退化した左腕に比べ右腕が極端に肥大化したアンバランスなシルエットが特徴。右腕は単なる巨大発達にとどまらず、伸縮自在で広い攻撃範囲を持ち、また、遠くの物を掴んで身体を引っ張り瞬時に移動することで下半身の退化による緩慢な動きをカバーする役割も果たす。壁などに張り付いている時に攻撃しても、当たりこそするがダメージを与えられない。火炎弾が弱点。「バンダースナッチ」というコードネームは、イギリスの作家ルイス・キャロルの代表作の一つ『鏡の国のアリス』に登場する猛獣の名が由来。
蛾 ( Moth )
実験用に飼育されていた蛾がT-ウイルスの影響で巨大化した物。攻撃はしてこないもののリン粉に強力な毒性を有しており、吸い込むと毒に侵されてしまう。動く物に卵を産みつける習性があり、気が付いたときに取り去らなければ、幼虫が孵化して毒牙で噛み付いてくる。体力は低いのでどんな攻撃でも1撃で倒せるが、倒しても部屋を出ると復活する。
クモ ( Black widow )
ラクーンシティでの事件から得たデータを元にアンブレラが研究開発したB.O.W.。従来のシリーズに登場していたクモ型のクリーチャーとは素体が違っており、外見も大きく異なる。紫色の毒々しい腹部と細長い脚を持つ。本作にはサイズ別に3種類が登場する。従来のシリーズと異なり硫酸弾が弱点である。
大クモ
南極に1匹だけ登場するクリーチャーで、ボスキャラのような存在。環境に適応した個体が更に巨大化したもので、クレーン操作室を潰してしまうほどの力を持ち、天井や壁を這い回り、毒液と引っかきを駆使してクリスに襲い掛かってくる。腹部に大量の小クモを宿しており、腹部が破壊されると一斉に飛び出してくる。
中クモ
従来のシリーズに登場するものに近いサイズだが、若干小さい。素早い動きで近寄り噛みつき、毒液を飛ばしてくる。腹部が破壊されても頭胸部だけで動きまわり飛びついてくるため、頭部への攻撃が効果的である。
小クモ
大クモの腹部が破壊されると出てくる物で、正面の敵に飛び掛って攻撃してくるが、踏み潰すだけで倒せる。
ハンター改 ( Hunter )
『1』に登場したハンターαを、ウェスカーの所属する組織が改良した物。外見はαに似ており行動パターンもほぼ同じだが、「自走式監視機」と呼ばれるサポートメカによりある程度の行動制御が可能となっている。ゲームが進むと「スウィーパー」と呼ばれる改良型が登場、こちらは体色が赤紫で、爪に毒が仕込まれている。本作では即死攻撃が「首狩り」から「ツメ振り下ろし」になっている。右利きで硫酸弾が弱点。なお、自走式監視機を破壊することは出来ない。
アリ ( Ant )
ウイルス研究のためにアレクシアが飼育していたアリ。T-Veronicaの投与により巨大化し、凶暴性も増している。南極基地に巨大な蟻塚を形成しており、その周囲に生息。近寄る物に積極的に噛みつき、ブーツを履いていてもダメージを受けてしまう。性質は小クモと同じで、踏み潰して倒す事もできるが無限に湧いてくる。
アルビノイド ( Albinoid )
ロックフォート島に生息するサンショウウオにT-ウイルスの投与と遺伝子操作を施して生み出したB.O.W.。水陸両用に開発されている。幼体は地上を素早く這って移動、身体に帯電し、接触した者を攻撃する。十数時間で体長2mほどの成体へ成長。成体には手足が形成されているが地上の移動は苦手であり、水中で能力を発揮する。体から放電して水中を伝わせ遠距離まで攻撃する。作中では逃げ出した幼体の中の1体が成体となって襲ってくる。水中にいるため対B.O.W.ガス弾が効かないほか、ロケットランチャーの攻撃を当てられない（体勢が低い上に、部屋の構造上“壁にランチャーを当てて爆風での攻撃”もできない）。
触手 ( Tentacle )
アレクシアの覚醒と共に南極基地に現れるクリーチャーで、T-Veronicaとの共生により生み出されたアレクシアの一部。アレクシアの意思により動き、伸縮自在で時には数kmも伸びる。力も非常に強く、雪上車を軽々とひっくり返すほど。基地のあらゆる所から現れるが、接近しなければ攻撃されない。
タイラント ( Tyrant )
アンブレラの研究により生み出された究極のB.O.W.。『バイオハザード2』に登場したタイプと同じ量産型の物がベースで、コードはT-078。ラクーンシティの事件以前にロックフォート島に持ち込まれ、カプセルの中で冷凍保存されていたが、島から脱出しようとするクレア達を妨害するべくアルフレッドが目覚めさせた。連絡通路と輸送機のカーゴルームの2箇所で戦うことになる。本来は生命の危機に陥ると解除されるリミッターが、最初から外され暴走状態になっており、実質的にはスーパータイラントに近い。腕部は鉄球のような特殊な変異を遂げており、破壊力は大きい。従来のタイプと同じく、止めを刺すにはある特殊な方法が必要となる。
ノスフェラトゥ ( Nosferatu )
アレクシア・アシュフォードのT-Veronicaを用いた研究の過程で生まれたクリーチャー。その実態はアレクシアの父であり当時のアシュフォード家当主・アレクサンダーの成れの果てである。実験体として不完全だったために破棄され、南極研究所に監禁されていた。体細胞がガン化しており、15年間に及ぶ水も食料も無い監禁状態を生き延びた。身体に特殊な毒素を備えており、これに侵されると専用の血清でしか解毒できない。監禁時の名残として、手足は拘束具によって自由を奪われており、また目隠しにより目も見えていないが、背中の触手と体内で生成した毒液を気化させた毒霧を使って攻撃する。胸にある剥き出しの心臓が弱点で、スナイパーライフルかナイフで狙うことができる（それぞれ止めを刺した際に専用のムービーが挿入される）。「ノスフェラトゥ」の呼び名は上記の事情を知らない研究所職員が後に付けた物で、その由来は「不死者・吸血鬼」を意味するルーマニア語から（同名の吸血鬼映画も存在する）。
モンスター化スティーブ ( Steve monster )
アレクシアによりT-アレクシア（T-Veronicaの未完成版）を投与されたスティーブ。アレクサンダー同様ウイルスとの共存に失敗したことで、巨大化し爬虫類のような緑の皮膚を持つ異形の存在と化し、スティーブの面影は頭部に多少残っている程度。手にした斧を振りまわしての攻撃は桁外れの破壊力を持ち、VERY EASY以外では2発食らうだけでゲームオーバーになってしまう。弾薬を打ち込むと仰け反ることがあるものの倒すことは絶対に出来ないため、逃げるしかない。
アレクシア ( Alexia )
アレクシア・アシュフォードが、研究開発したウイルス「T-Veronica」を自身に投与、15年間に渡るコールドスリープを経てウイルスと共生し、進化したクリーチャー。元の人間としての意思を有しているが、進化する毎にその姿は人間からかけ離れて行く。
第1形態
目覚めた直後のアレクシアが戦闘に際し姿を変えた物。体形は人型をとどめているが、肌は灰褐色になり、所々植物が絡みついたような姿になっている。外気に触れると発火する血液や、触れるだけで外敵を発火させるなどの特殊な能力を有しており、捕まると体内に直接高熱を送り込まれて即死する。傷を負い血液が流れるとそこから発火し、体内から消化液を出して攻撃してくる。
第2形態
第1形態から変容し巨大な女王蟻のようになった物で、すでに人としての姿は留めていない。巨大な根のような触手を振り回し、毒液を吐き、攻撃生物をその胎内から生み出してくる。上半身、下半身それぞれに当たり判定を持っており、下半身への攻撃の方がダメージが大きく、また、中段攻撃で境目の部分を攻撃すると上半身と下半身両方にダメージを与えたことになり、結果的にダメージ値は倍近くになる。
第3形態
第2形態で深刻なダメージを受けると上半身が腹部から離れて飛行形態を取る。その姿は女王蟻というより、蟻のエサにしていたトンボを連想させるのが皮肉である。兵隊蟻を統率する能力は失われており、攻撃方法も発火成分を持つ緑色の体液を撒き散らす程度。唯一人間の姿をとどめている顔面には、計画が失敗したことへの無念と憎悪が入り混じった複雑な表情が浮んでいる。
バトルゲームで登場する物を除きリニアランチャー以外の武器は一切効かないが、命中すれば一撃で倒す事ができる。ただしリニアランチャーは弾速が遅く、ただ狙って撃つだけではまず当らないため、動きを先読みする必要がある。