植物のカキ（柿）とは同音だが、共通語ではアクセントの位置が異なる。カキ (貝) の場合はカキであり、これは「夏季」「夏期」「下記」「火気」「花器」「火器」「花卉」等の熟語などとも同じ。他方、カキ（柿）はカキである（それぞれ太字にアクセント）。
「蠣」だけで牡蠣の意味を表す。しかし実際には「牡」の文字も用いて「牡蠣」と表記する。これは一般に貝は雌雄で色の異なる部分（サザエであれば「ふんどし」と呼ばれる部分）があり、白い物が雄と考えられていたのに対し、牡蠣は全身が白い（緑色をした牡蠣もあるがこれはえさの違いによるもので、あまり一般的ではない）ことから「牡しかいない貝」と誤解されたことに由来する。
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実際に牡蠣の生殖巣においては精巣と卵巣がいりまじっていることもあり、その区別は肉眼では不可能で、顕微鏡を使用しなければならない。
中国語では「牡蠣」（ムーリー）も使われるが、専門用語的であり、口語では「蠔」、簡体字で「蚝」（ハオ）が用いられる。
閩南語や台湾語では「オーアー、台湾語仮名 オヲアア」と別の語が使われる。中国大陸では「蚝仔（蠔仔）」と表記し、台湾では同音の旁を使った「蚵仔」という方言字が作成された。